In meinem Fall erwartet Thunderbird nach dem Start vier mal die Eingabe des Masterpasswords. Je nach Anzahl von Email-Konten können das sogar noch mehr Abfragen werden. Das nervt ziemlich.
Der Bug ist bekannt aber immer noch nicht behoben.
Es gibt aber Abhilfe durch das AddOn StartupMaster. Ist dieses installiert, dann wird nur einmalig gefragt, noch bevor das Hauptfenster angezeigt wird.
Gefunden im Support-Forum.